远东国际军事法庭对土肥原的审判是极为艰苦曲折的。作为日本前特务头子，土肥原虽效忠日本军国主义，干尽了阴谋勾当，但他同样老奸巨猾，尽可能地不留把柄。因而在所有被告中，土肥原自始至终都显得最为“冷静”，对于法庭的指控有恃无恐，而且还口出狂言：“我土肥原要让中国人和美国人睁大眼睛看看，真正的日本武士在失败时，在严峻的考验面前是个什么样子!”法庭开始的时候没有有力的证据，美国宪兵在土肥原家中搜查时一无所获，东京法庭只好求助于中国国民政府的军政部和司法部，但结果同样也是大失所望。
就在审判进入僵局时，中国法官倪征燠猛然想起曾任“满洲国”奉天市市长的赵欣伯，倪征燠为此特地亲自赶往赵欣伯被关的东北战犯监狱，希望赵欣伯提供土肥原参与策划“满洲国”傀儡政权的材料。赵欣伯起初很痛快地答应了下来，但是他后来害怕连累自己，因为他曾接任过土肥原的奉天市市长的职位，思前想后，最后他还是拒绝提供有关土肥原的任何材料了。
中国有句俗g叫“要想人不知，除非己莫为”，土肥原在中国从事间谍活动长达2o多年之久，要找出罪证来并非难事。最后确定下来两个有力的中方证人：曾经与土肥原贤二签署“秦土协定”的秦德纯和七七事变时的宛平专员王冷斋。
土肥原开始显得有些紧张，但随后便故作镇定下来。他想法庭并未抓住什么有力的证据，没什么可怕的，还装出一副满不在乎的样子，对检察官的指控他是一概否认。
按照土肥原与他的美国律师瓦伦和日本律师太田金次郎的预先谋划，先出庭为土肥原作证的是其老部下爱泽诚。
在土肥原担任奉天特务机关长时期，爱泽诚曾追随土肥原参与制造了皇姑屯事件，并奉命参加实施炸毁柳条湖铁路路轨的阴谋，挑起九一八事变。
爱泽诚是土肥原的走狗，自然极力粉饰土肥原的恶行。他说土肥原为人“忠厚坦白”，广交中国朋友，还说土肥原领导的奉天特务机关只是负责搜集普通情报，纯属一般性业务机构，并没有搞什么秘密活动。爱泽诚的伪证引起了公诉方的强烈斥责。
这时，为了给爱泽诚的伪证提供佐证，土肥原的另一名日本辩护律师家崎直义拿出一幅字画交给审判长卫勃、检察长季南和其他法官、检察官传阅。这是一幅由中国著名画家王石谷作的山水画，重要的是上面的一段龙飞凤舞的题词：“土肥原将军年来奔走中日和平，备极辛劳，此次另有重寄他调，赠此以作纪念。宋哲元敬赠。”
家崎直义据此告诉并不知土肥原与宋哲元之间复杂关系的审判席上的众人，宋哲元是中国著名的政治家和军人，连他都如此敬重土肥原将军，可见土肥原将军确实是中国人的好朋友了。
明知他说的与实情不符，该怎样驳倒这个狡辩呢?中国代表梅汝和向哲浚提出传召中方证人、时任国民政府国防部次长的秦德纯上将出庭作证。
站在证人席上的秦德纯在宣誓过后，便接过那幅山水画，待他仔细看过后，韦伯庭长便问道：“请问证人，这幅画是宋哲元将军赠送给土肥原的吗?”
秦德纯想了想说：“我也是第一次看到这幅画，据我观察，这很可能是宋哲元将军赠给土肥原的礼物。”
全场哗然，难道说土肥原真是中国的好朋友?场内心中暗喜的就只有土肥原和他的辩护律师——有人肯不计前嫌地替他说话了吗?秦德纯停了片刻，待全场安静后，沉着而不紧不慢地说：“审判长，我必须声明，我之所以判断这幅画可能是宋哲元将军所送，是因为上面的题字是宋将军的秘书长杨镇南所书，我与杨镇南有过交往，对他的笔迹比较熟悉。”
忽然，他g锋一转：“审判长，我同时更要声明，这幅画只是私人交际往来所赠送的一种小小的纪念物品，不能用以证明国家与国家间的外交关系。”审判长卫勃听后，为之一震，并鼓励地问道：“为什么?”秦德纯娓娓道出实情：“这是因为北平是中国的旧都，各国外交使节和武官留在北平的很多，当他们奉令回国时，与北平地方当局互相馈赠纪念物品，这是很平常的事情，纯粹是一种礼节，既不能反映彼此间真正的感情，也不能代表外交关系的好坏。我想，稍有外交常识的人都会明白这一层道理。”秦德纯的这些证词有如拨云见日，极大地鼓舞了中方人员，又使土肥原及其辩护律师们个个哑口无言。
驳斥完这幅画的“证据”后，秦德纯又满怀愤怒地控诉了土肥原1935年策划的“张北事件”，借此蛮横要求中国部队不能驻守在张北县以北的恶行。
接着，中国公诉人指控土肥原参与制造“满洲国”的罪行。土肥原却说“满洲国”是“根据东北人民的意愿成立的”，他完全是根据关东军司令官指示和东北人意愿行事，“无可指责”。东京法庭随即传溥仪出庭作证，溥仪详细叙述了土肥原如何以软硬兼施的手段将其劫持到东北的经过，揭露了土肥原参与制造“满洲国”的罪行。紧接着溥仪之后出庭作证的，就是刘建业和向哲浚所说的那个人——石原莞尔。
石原莞尔，1889年出生于日本山形县鹤冈市。他的父亲石原启介曾任鹤冈市警察署署长，从小就用“武士道”精神教导石原莞尔要勇敢而不惧艰险。在父亲的熏陶之下，石原莞尔从小就尚武好战，性格比同龄的其他小孩坚毅许多。19o2年，石原莞尔进入仙台陆军地方幼年学校学习，三年后转入陆军中央幼年学校。在陆幼学习期间，石原莞尔见到了曾主张向中国扩张，拓展日本生存空间的隐居军官南部次郎。受南部次郎思想的影响，年少的石原莞尔在自己的日记中写下侵略的“宏愿”：“为我帝国之正义而出师，我虽无才，但终得报国之志。”19o7年，石原莞尔进入陆军士官学校继续学习。第第6名的成绩毕业。不久，被授予步兵下士官军衔，从此开始其法西斯军官生涯。
1915年，石原莞尔考上了陆军大学。在陆大学习期间，他接受了更加系统性的军国主义教育，并且开始思考自己的军事侵略理论。第2名的成绩从陆大毕业，同时被晋升为步兵中尉。当时，日莲宗是日本非常盛行的一个佛教教派。石原莞尔受这一教派思想的影响，从陆大毕业后，就加入了日莲宗的佛教团体“国柱会”，成为著名僧人田中智学的忠实信徒。192o年4月，石原莞尔被派往驻汉口的侵华日军华中派遣队司令部工作。石原莞尔在汉口工作的一年多时间中，先后考察了中国湖南、四川、南京、上海、杭州等地，积极搜集中国政治、经济和军事方面的各种情报，这些信息为他形成“大陆扩张”的侵略思想奠定了经验基础。他根据观察总结了对付中**阀的办法，认为“比起武力会战，收买、宣传具有更大的价值”。同时，实地的观察也增强了他侵华的信念，他曾写道，“以列国的干涉对中国实行国际共管”，“其主动者必须是日本”，“可惜现在我们没有这种力量”，如果“在建国精神方面，日本应该有统一世界的大正义”，“这种力量展现出来后，英美的财力和兵力则毫不足惧”。1921年7月，石原莞尔奉调回国，担任陆大教官。1922年，被选派赴德留学，主攻战争史。
留学期间，石原莞尔系统的整理并完善了自己的战争思想。1925年，学成归国，石原莞尔继续任教于陆大。
2o世纪2o年代，石原莞尔撰写了大量文章和报告，系统梳理和阐了自己的战争观。这些文章主要包括：《现在及将来的日本国防》、《战争史大观》、《扭转国运的根本国策——满蒙问题解决案》、《关东军领有满蒙计划》、《从军事上看日美战争》、《满蒙问题我见》等。这些文章集中反映了石原莞尔的侵略理论和主张，他提出，“源于中亚的人类文明分为东西两支，几千年来各自挥其特长和特点，不断进步，而最近两三个世纪的展更是突猛进。时至今日，这两个文明已形成隔着太平洋而相互对峙的局面”。这种局面必将导致战争，战争之后将走向统一，最终“创造最后最高的文明”，使人类文化进入“黄金时代”。这次“人类最后的大战争”将是“以日美为中心而进行的世界大战争”，将“先是持久战争，然后是决战战争”。因而，他强烈主张，为了使日本在未来的世界大战中能打好持久战，并取得决战的胜利，先必须占领中国东北，使之成为日本“以战养战”的战略资源供应基地。他的这种侵略思想直接指导了日本关东军动九一八事变和展开对中国东北的侵略活动。
1928年1o月，在关东军高级参谋河本大作的推荐之下，石原莞尔被调任日本关东军参谋。石原莞尔觉得找到了自己的“用武之地”，开始推行他所构想的“以战养战”侵略中国东北的阴谋。
到关东军司令部赴任之前，石原莞尔已经仔细阅读了有关中国东北地理的书籍、地图，并且同关东军各部队军官谈话，深入了解和掌握了东北的情况。当时日本军部担心如果侵略中国东北，可能会导致苏联方面的干涉而引日苏大战，狡猾的石原莞尔根据自己掌握到的情况，猖狂地认为，日本政府及军部中央没有必要担心与苏联的冲突。因为苏联的远东运输能力薄弱，仅能将一部分兵力用于远东，倘若日军进攻外贝加尔以东地区，苏联都可能会放弃。
此外，美国在远东没有进攻日本的据点，很难攻击日本，美国海军在布局上不够匀称，日本海军实质上也不是处于绝对劣势的。因此，美国的渡洋作战只不过是空谈，至多只能对日本进行经济封锁而已。总之，石原莞尔的结论就是，日本可以放心地侵占东北，甚至侵占整个中国。
1929年7月，石原莞尔推荐他的老朋友“阴谋老手”板垣征四郎任关东军参谋，从此二人开始共同为霸占中国东北而积极活动。
从1929年起，石原莞尔和板垣征四郎先后组织了四次“参谋旅行”，侦察东北地区的地理情况和东北军的兵力分布情况，为将来动侵略战争做准备。在以“旅行”为名进行的军事侦察活动中，石原莞尔和板垣征四郎带领关东军的作战参谋，经过实地刺探，形成了诸如“攻击哈尔滨和防御海拉尔的问题”，“关于占领地区怎样统治的问题”，攻打锦州的战术，“夜袭弓长岭的现地研究”和“攻打奉天城要领”等详细的侵略作战计划。在“参谋旅行”中，石原莞尔等人窃取了大量军事情报，同时也意识到，东北地域辽阔，关东军不足两万人是难以战胜多达数十万之众的东北军的，因而，常规的军事入侵方法是无法取胜的。对这样的“困难”，石原莞尔想出了“由里向外来占领满洲”的方法。1931年3月4日，石原莞尔主持制订了《为解决满蒙问题之作战计划大纲》，提出先在沈阳挑起事端，然后以日本利益受损害为借口，集中优势兵力占领沈阳，再进一步侵占全东北。这一侵略计划得到关东军好战分子的赞成。他们开始以这一计划为“蓝本”，进行军事入侵的准备。
日本陆军上层支持关东军军事入侵行动的大有人在，为了使石原等人侵占沈阳的军事行动能顺利成功，参谋本部军事课课长还专门向关东军批了两门24厘米口径的重炮。为了安放这两门重炮，石原莞尔以修建游泳池为幌子，在驻奉天关东军独立守备队兵营内，挖了一个直径为33英尺，深39英寸的炮基座，四周加上围棚，伪装成仓库。这两门重炮，一门炮口对准奉天东北军北大营营房，另一门则指向奉天飞机场。
除了在关东军内部进行军事进攻准备外，石原莞尔也没忘记做好国内的动员工作，以便获取军部内更多人对侵略计划的了解和支持。1931年7月，石原莞尔与板垣征四郎回国，专门在国内兜售《为解决满蒙问题之作战计划大纲》的侵略计划。经过板垣征四郎的鼓吹，石原莞尔的侵略计划得到军部大多数高级将领的赞成和支持，返回关东军后，二人更加紧推行实施既定的侵略计划。
8月2o日，石原莞尔向关东军新任司令官本庄繁汇报了侵略中国东北的计划，得到本庄繁的认可和默许。9月15日，关东军准备擅自行动的消息泄露，内阁施压，责令参谋本部“制止”关东军的轻举妄动。石原莞尔和板垣征四郎得知这一信息后，加紧谋划事变，准备将原定9月28日的行动提前到9月18日，赶在参谋本部派人来之前，造成既成事实。9月17日夜，石原莞尔与板垣征四郎在辽阳白塔旅馆碰面，决定由石原莞尔在旅顺关东军司令部内进行作战部署，而板垣征四郎则在奉天实地进行前线指挥。
被炸成废墟的东北军北大营9月1第一部部长建川美次到达奉天。板垣征四郎不动声色地在火车站迎接，并为建川美次“安排”好饭店，一向以工作为重的建川少将这次一句公事也没谈即在宾馆休息了。
当晚1o时3o分，奉天车站西北方约8oo米处的南满铁路柳条湖一段被炸。关东军以此为借口，立即向东北军北大营起进攻，震惊中外的九一八事变爆。
已准备就寝的关东军司令本庄繁忽然接到奉天特务机关来急电，称：“18日夜1o时许，奉天北大营西侧，暴戾的中国兵破坏满铁线路，与我守备队生冲突。独立守备第二大队已向现场出动。”本庄繁立即命令参谋长三宅召集石原等各参谋到办公室，召开会议，商讨对策。石原莞尔迫不及待地说：“对敌之不法行为，先制人，应该刻不容缓地立即命令各部队出动，制敌中枢于死命。”不过，本庄繁觉得情况尚不明了，所以没有完全接受石原莞尔的意见，而是准备先让兵力集中到据点，以待形势的进一步展状况，再行决定。石原莞尔对本庄繁的“胆小”行为很不满。这时，奉天来第二封急电：“岛本大队与北大营部队生冲突，正在激战中。”战火看来是如石原所愿，越烧越大了，本庄繁考虑到要占据主动权的话，就不能等到国内的命令再行出兵了。于是，本庄繁最终接受了石原莞尔“先制人”、“制敌中枢于死命”的出兵意见，向各部队“全面出击”命令。待命令后，本庄繁才让作战参谋向军部中央报告，这其实也是想造成“既成侵略事实”的一种拖延之策。
为了便于前线指挥，关东军司令部于19日凌晨3o分从旅顺转往奉天。到达奉天后，本庄繁立即听了板垣征四郎的战况汇报。这时他仍未下决心彻底采纳石原莞尔的作战计划，把兵力派到南满以外地区，尤其是向北满进军，他担心会与苏联生冲突。板垣和石原却翻来覆去地强调，此时正是绝佳的用兵机会。
石原对本庄说：“总之，事变既已生，如果此时不一举解决满蒙问题，我们将遗恨百年。……即使向北满进兵，苏联目前也不至于干扰。苏联正竭尽全力整顿国内事务。所以，在此时如不彻底解决满蒙问题，以后再没有指望了。现在正是绝好的机会!”石原更进一步说：“占领整个满洲后，日军立即把治安维持好，然后把满洲从中国分离开来，由满洲民众建立新的政权，作为独立国家，实行王道政治。日本如放弃以往的权益主义，用协和精神行事，民众必将追随而来……为了平定整个满洲，目前希望向中央要求增援三个师团的兵力。或许政府会提到军费等问题，但只要新政权建立起来，用间接税及其他税收，是能解决的。总之，可以靠自给自足。”在石原莞尔的花言巧g之下，一心想“立功建勋”的本庄繁终于被说服，表示同意扩大出兵规模，并向军部要求增派三个师团。
19日下午5时4o分，关东军以本庄繁名义给陆相和参谋总长拍了要求增兵的电报。下午6时左右，关东军收到陆相与参谋总长的回电训令。陆相电文：“帝国政府已决定实施不使事态扩大的方针。关东军的行动希据此精神妥善处理。”参谋总长电文：“对关东军此次行动虽予肯定，但以后行动应本政府方针，希注意不使扩大。”原本准备前来支援的驻朝鲜日军司令官也来电称：“本职虽再三上报提出建议，但参谋总长禁止派遣增援部队。”当时，驻朝日军飞机已经起飞，地面部队被限令停止在朝鲜新义州以南地区，准备待命。中央“不扩大”方针的训令和对已经出动的驻朝日军所下的停止行动的命令，使本庄繁及幕僚的情绪大为沮丧。
2o日下午，驻朝日军参谋金子中佐秘密前来联络，表示：“若吉林、间岛(延吉)方面形势不稳，朝鲜军则有所借口，不待中央训令即可越境。所以，今后朝鲜军的动向，完全取决于吉林方面的形势。”石原莞尔当即主张出兵吉林，已不知如何是好的本庄繁采纳了石原莞尔的建议，决定出兵吉林，并立即向驻朝日军司令部了关东军将出兵吉林的电报。3个小时后，才向陆相和参谋总长了报告电。很明显，这是先斩后奏。
21日中午12时2分，关东军收到朝鲜军司令官电报，称：“我军已独断决定出动混成第三十九旅团。”石原莞尔得知这一消息后，更加坚定了侵略决心，急不可待地渴望进攻吉林的多门师团的战况。
多门师团轻易就开进了吉林城。当时，吉林省主席张作相在家乡锦州服丧未归，参谋长熙洽代理省长职务，在多门师团长的威逼利诱之下，熙洽宣布吉林省“独立”，与南京政府脱离关系。继9月24日吉林宣布“独立”之后，哈尔滨的张景惠在日本特务机关的策动下，于29日表了哈尔滨特区的“独立”宣言，哈尔滨也成为日寇的控制地。
九一八事变后，东北军退守锦州，重组东北政府，准备以锦州为基地，抗击关东军的进攻，锦州因此成为关东军的“眼中之钉”。由于日本中央军部限制事态范围的命令，关东军无法立即向锦州进攻。不过，石原莞尔一向知道怎样制造借口。1o月8日中午，他亲自命令航空参谋冢田少佐，率航空队轰炸了锦州郊区铁路西侧的兵营。当一位参谋吃惊地问他，竟然轰炸了锦州，他却不屑地说：“没有向锦州扔炸弹，是郊外的兵营。”随后又说：“无论怎样软弱的锦州政府，用六七十颗2o公斤重的炸弹，也是炸不垮的。我的想法只不过是借此扫除政府的不扩大方针及国际联盟的干预!”石原莞尔企图扩大侵略，“一举拿下东北”的野心是多么明显!日本政府企图通过外交手段迫使张学良的东北军撤出关外。但是，日本政府的无理要求被中国政府拒绝。同时关东军在东北不断地扩张，致使两国外交谈判最终破裂，后继内阁因而被迫总辞职。
对此，石原不以为忧，反倒对后继内阁寄予希望。犬养毅就任相出面组成新内阁，森恪任内阁书记官长，荒木贞夫任陆相。
关东军幕僚们一致认为，不扫除占据锦州的东北军，就不能完全夺取东北。新内阁成立后，石原莞尔等人立即给参谋总长和陆相电报，提出进攻锦州的重要性。12月15日，被软禁的原奉天省省长臧式毅在石原莞尔、板垣征四郎的威逼利诱之下，宣告奉天省“独立”，并就任“省长”。
12月17日，关东军致电陆相和参谋总长，报告进攻锦州计划。当天傍晚，收到了参谋总长的回电，军部将为攻取锦州增援一个混成旅团、一个坦克队、一个榴弹炮大队，于26日至28日在大连登陆。另外，天津驻屯军也将增派两个大队兵力支援。
12月21日，关东军对锦州起攻势。但是，在东北军的坚决反击下，直至1932年1月，仍未攻下锦州。石原莞尔等人不得不调整作战部署，让刚从朝鲜派来的装备精良的第二十师团接替多门师团。日军在优良装备和兵力之下，于1月3日上午1o时，攻进锦州城。1月下旬，关东军动对哈尔滨的进攻，2月5日凌晨，攻入哈尔滨。至此，日军基本上控制了奉天、吉林、黑龙江三省。为了巩固日本对东三省的殖民统治，又减轻中国人民的抵抗，石原莞尔等人开始筹划炮制一个傀儡政权。
奉天、吉林、黑龙江三省的“省长”在关东军的支持和威迫下，于1932年2月16日在沈阳召开了所谓的“建国会议”。翌日，宣布成立“东北行政委员会”，并表所谓的《独立宣言》，公开筹建“满洲国”。日本侵略者攻入锦州后的得意情形石原莞尔一面在东北炮制“满洲国”政权，一面就“满洲”事宜，专程返回东京，汇报情况，声称：一、“满蒙”问题的解决，不应只顾眼前的利益，必须考虑到世界形势的演变和东亚的未来而加以妥善处理。二、为使苏联放弃进攻远东的企图，确立不败之国防，必须从中国开始实现东亚各民族间的真正的大同团结。
三、作为第一步，必须使“满洲国”成为理想之乡。新建立的“满洲国”，既非中国之失地，也不是日本的领土，而是日中两国共同的独立国家，同时也是各民族协和的理想之乡。四、为获取区区权益，想以权势压迫汉民族的做法，等于重蹈招致三千万民众怒恨而崩溃的张学良之覆辙。
五、在满洲的日本人，应该白手起家，与各民族共处，通过公开的竞争来确立自己的生存权。“满洲国”成立的同时，必须立即废除治外法权、满铁附属地行政权等特权。用法律保护日本人的特权，将会助长日本人的优越感，造成与其他民族间的不和，且导致日本人的堕落。石原莞尔的意见，暴露出他长期占领我东三省的阴谋。石原将这些意见向军部和政府作了说明，获得了日本国内军政高层的一致赞赏和支持。
3月1日，“满洲国”《建国宣言》表。9日，在长春举行“建国”仪式，溥仪就任“执政”。“满洲国”的建立，标志着石原莞尔谋划已久的侵略东北、以战养战的图谋的实现。同时，他被论“功”行赏，1932年8月，石原莞尔被晋升为大佐军衔。
刚刚晋升为陆军大佐的石原莞尔，1932年8月8日奉调回国，担任兵器本厂厂附。第二师团步兵第四联队联队长。这时的石原莞尔抓住一切机会鼓吹他的“南进”计划，还写了一篇《由军事上看皇国之国策及国防计划纲要》，提出具体的侵略策略：“以迅巧妙之手段使中国本部归我支配、以日、‘满’、华三国为基本范围实行自给经济”，为“日美大战”做好准备。
1935年8月1日，石原莞尔出任参谋本部作战课课长。任职期间，他不遗余力地制订策划日本侵略国策大纲，提出了“扩充日满经济力量，加强扶植‘满洲国’，增强大陆兵力，建设无敌空军”的具体计划，为扩充日本侵略实力出谋划策。
1936年6月上旬，参谋本部新设指导战争及判断战争形势为主要任务的作战课，石原莞尔担任该课课长。6月3o日，以石原莞尔为，参谋本部形成了一份《国防国策大纲》。7月，以此大纲为指导，他又主持制订了《战争准备计划方针》。8月，制订了《对苏战争指导计划大纲》。这一系列的作战大纲和具体计划，勾勒出了日本侵略行动的“蓝图”。1937年3月1日，石原莞尔晋升为陆军少将。
七七事变后，日本帝国主义动全面侵华战争。
1937年9月27日，石原莞尔被任命为关东军副参谋长，当时担任关东军参谋长的是东条英机。二人早有间隙，而且石原莞尔十分不情愿给资历相仿的东条英机做副手，两人关系紧张。石原莞尔对东条英机经常冷嘲热讽，鄙视东条英机是靠关系网而步步高升的，多次当面称呼东条英机是“亲爱的傻瓜”。心胸狭窄的东条英机当然采取各种手段压制、打击石原莞尔。石原莞尔在关东军任职不到一年便待不下去了，只得称病回国。
预备役时的石原莞尔1938年12月5日，石原莞尔出任日本舞鹤要塞司令官。1第十六师团师团长。在此期间，石原莞尔出面组织了所谓的“东亚联盟运动”。这个运动以日、“满”、华相互提携为幌子，建立所谓的“三方提携”的东亚联盟。这个联盟自然以承认“满洲国”为前提，日本是东亚的保护者和指导者自然居于“盟主”地位。他的险恶用心明显就是要使日本控制中国，使中国彻底沦为日本的殖民地，对他个人利益而言，组织“东亚联盟运动”则可以为自己捞取政治资本，东山再起。不过，东条英机的排挤粉碎了他的迷梦。
194o年7月，东条英机出任近卫内阁陆相后，促使内阁于1941年1月宣布“东亚联盟运动”为非法组织。3月1日，东条英机以此为借口解除了石原莞尔担任的第十六师团师团长职务。3月31日，石原莞尔被迫退出现役，转入预备役。
被排挤出军界的石原莞尔在立命馆大学担任国防研究所所长，专门讲授《国防论》，继续宣传他的侵略主张。东条英机除了因以前的过节，更重要的原因是，石原莞尔在国内大力反对迅扩大战争，主张持久的战争计划，这与东条英机的图谋相左，所以东条英机不仅派宪兵跟踪监视石原莞尔，后来干脆命令立命馆大学辞退了石原莞尔。石原莞尔迫不得已，只得于1942年9月返回鹤冈家乡闲居。
1945年日本战败投降后，石原莞尔乘机将自己装扮成受东条英机迫害的“和平战士”，以逃避被当作动侵略战争的罪犯而受审，并出任东久迩内阁的内阁特别顾问。因为这个身份，刘建业和他的部下也就无法像对待其他战犯嫌疑人一样，直接将其逮捕。石原莞尔借机接连表了《我们的世界观笔记》、《新日本的出路》等文章，假惺惺地提出什么“放弃战争”，建设“不要战争的文明”的主张，企图投美国人之所好。石原莞尔还专门给驻日盟军总司令麦克阿瑟写了一封建议书，提出所谓“阶级的政治”，胡说什么“过去的政治是为阶级利益的政治”，而“阶级政治”只是“为了理想”。
盟军开始逮捕战犯以后，石原莞尔为了争取主动，在盟军最高司令部尚未对其出逮捕令之时，就主动前往盟军司令部自，然后被收押进巢鸭监狱。
为了指证土肥原，刘建业和中国检察组不得不在美国人的协助下，以与石原莞尔达成司法协议的方式，说服其出庭指证土肥原和东条英机等其他战犯，换取不将其送上法庭受审。
“石原将军，尽管我很想把你送上军事法庭，让你受到正义的审判，但是，为了指控土肥原和东条英机等人，我只能控制住我的愤怒，与你达成这个协议。我现在只要求你遵守这个协议，做你必须做到的，不然，我想你应该知道，仅仅是你在东北所作的那些事情，就已经足够把你送上绞刑架的。”见证了司法协议达成以后的刘建业，对石原莞尔说道。
“这个自然，我一定严格遵守协议。”达成司法协议，基本保证了自己性命的石原莞尔说道。
“我听说石原将军的身体最近不太好，还是要注意一下，最好免得遇到给我国的吴大帅和谭贵人治病的日本医生那样的大夫，否则，事情恐怕不太好。”刘建业说道。
“将军放心，我一定说到做到。”听到刘建业的话，石原莞尔的头上开始冒出了冷汗。这个号称日本陆军“大脑”的人，怎么可能不清楚那两个人是怎么死的呢？现在在日本，占领军是说话最有用的，想要让一个已经无权无势的旧军人死得不明不白，那简直就是易如反掌。
随着石原莞尔的出庭作证，土肥原对于在东北的所作所为，更加无法抵赖了。原因很简单，从皇姑屯到九一八，再到建立伪满洲国，最主要的策划和实施人就是板垣征四郎，土肥原贤二和石原莞尔。对于两位旧日同僚在这几件事情上的所作所为，作为同谋和共犯的石原莞尔自然是比其他人更加清楚和了解的。
如果说其他的人证，土肥原还能找到办法狡辩推托，对于石原莞尔，土肥原就没有办法了。石原有着很好的记忆，对于他们三个人在那段时间里的所作所为，回忆得相当清楚，而且连他们所策划实施的计划的细节，都交待的非常清楚。
在此之后，中国检察官向哲浚登台揭了土肥原在中国贩卖鸦片的罪行，指出土肥原鼓吹日本用刺刀、鸦片、特务三件“法宝”灭亡中国的邪恶企图。他义愤填膺地控诉道：“土肥原将鸦片和其他麻醉品作为征服中国的工具使用，这显然违背了日本已签署的《禁止麻醉品国际公约》要求签约国所承担的责任与义务。土肥原从日本在“满洲”建立新“政权”时期开始，后来在华北、华中和华南，都曾建立起鸦片专卖机构。土肥原之所以在中国大肆贩卖鸦片，其险恶目的十分明显，那就是既可以破坏中国人民的坚韧精神和抵抗意志，同时也可以敛取大笔收入供日本进行军事与经济侵略使用。”
中国检察官在此基础上，继续揭露了在板垣征四郎担任陆军大臣时，土肥原曾来华妄图促使吴(佩孚)唐(绍仪)合作，建立傀儡政权，以及血腥屠杀中国、马来亚、印尼等国无辜百姓，虐待残害战俘等罪行。
面对确凿的事实，土肥原理屈词穷，原先的嚣张气焰一扫而光，而且狼狈不堪。他自知难以抵赖，同时也怕狡辩时被迫说出更多的情况、暴露更多的罪行，所以索性放弃了申辩权。
“干杯，我们一定要好好的庆祝一下。”向哲浚在酒馆里举起了自己的酒杯，对与自己一起共事的检察官和中**官们说道。
“是要好好的庆祝一下，土肥原这个老狐狸和板垣征四郎在法庭上被他们的老朋友石原亲口指证的时候，那个脸色简直就和猪肝一样了。我看着他的脸色，别提有多高兴了。”范副官说道。
“扳倒土肥原，确实应该庆祝一下。不过，我听梅法官说法庭下面就要开始对南京大屠杀进行法庭调查了，向检察官，是不是这样？”刘建业喝了一口酒说道。
“是这样的。所以，这一段时间，我一直在寻找证据。”向哲浚说道。
“证据的搜寻情况进展如何？”刘建业问道。
“很难。因为日本实行严酷的战时新闻管制，并严令日军官兵与家人通信时不得提及战争期间的犯罪和不道德行为，日本国内老百姓对于日军残酷屠杀俘虏和平民的行为，并不为更多人所知，甚至大部分日本人都不相信有南京大屠杀事件。而且，基本上很难找到直接证据。”向检察官说道。
“或许，这几份报纸和这几个人对你的工作会有所帮助。”刘建业从公文包里取出几张旧报纸和一张写着几个英文名字的纸交给了向哲浚。
“畜生，野兽!”看到这几份报纸，向哲浚紧握着拳头，重重的敲打着桌子。
“报纸上提到的这几个人现在已经被抓起来了，只要你们以中国政府的名义提出引渡，就可以送回国内。这张纸上的这几个人，是生南京大屠杀的时候留在南京保护市民的外国人，里面既有美国人，丹麦人，也有德国人，特别是约翰;马吉牧师。当时他用手提电影摄影机拍了一段电影，会有很大帮助的。还有这个拉贝，他是德国人，当时是德国西门子公司驻南京的业务代表，是由外国人组织起来的南京国际安全区的委员会主席。德国人卡尔;京特博士当时在江南水泥厂与丹麦人辛德贝格一起组织建立了难民营。这位明妮;魏特琳女士，是当时金陵女子大学文理学院的院长，主持了女子避难所，她虽然已经自杀了，但是还留下了日记，可以让驻美国使馆帮助找一下。这几个人的证词将是有重要意义的。”刘建业对向哲浚说道。
“你的这份名单，对我们来说实在太重要了，我一定马上就去办。多谢了。”说完，向哲浚马上穿上外衣，招呼自己的部下放下酒杯，立即就去寻找证据和证人。