李纯认为要坚守南昌必须要具备三大要素“民心”、“军心”、“士气”，可是现在民心相背，军心不稳，士气低迷，经过与诸将商议后，李纯决定放弃南昌向北撤。为了鼓舞士气，他纵兵对南昌大肆抢掠后于11月29日统帅二师一旅3万大军一路向北。
江西各地民军自发行动，偷袭暗算，破坏道路，试图拉住李纯集团。
北洋军上下自洗劫了南昌后，军心、士气都是空前团结和高涨，李纯告诉这些当兵的，“不想被皖军拉出去砍头，就随我打到九江去。”
刘正泰一路北上，沿途的小股顽抗他都赖的去打，马不停蹄的向南昌赶，而沿途的百姓听说“讨袁”军打回来，夹道欢迎，就连那些地主、乡绅们也加入了欢迎的队伍，比起穷鬼翻身，北洋军更可恶。`
对于沿途要求加入的地方民军，刘正泰留下联络员，交给后续部队。现在北洋军正在跑路，再不跑快点功劳就跑了。
九江、湖口连续被拿下来后，那些投靠北洋军政府的地方武装都在自谋出路，有人想打下县城作为日后与军政府谈判的砝码，而赣西一带的北洋军则准备撤往湖南。
杨洪森所领导的皖军在江西发威，北线集团攻克湖口、奇袭九江，南线集团兵进南昌，兵势之盛，令谭延?为之心动，他赶紧将谭培德召到总都督商议。谭延?他眼光是毒到，看出北洋军在江西完了，江西不久将落入杨洪森之手，所以将谭培德召至都督府商议“援赣攻鄂”事宜。
谭延?问道，“培德，你看如何？”
“从我党的角度出去，我坚决欢迎叔叔加入讨袁大业来，但是由个人角度出发，我却不赞同。”
“为何？”
“广东龙济光及西南动向不明这是其一；其二若叔叔决心讨袁当由委员长电请之后为宜。”
谭延?认为有一点道理，“那么以当前之战局，你看大元帅下一步将会如何？”
“我认为叔叔此时就应当有所准确，夺去江西后，大帅必定挥兵入鄂，若将川、陕连成片，袁世凯死期不远。”
谭延?看着地图拍手道，“与我所谋相同。”
在谭延?眼里广东龙济光和西南那些人都是墙头草，等杨洪森攻下江西全境，在与湘军取下湖北，将川、陕西连成片，这些家伙八成会宣布独立，继尔“讨袁”。
湘军的作战任务此时发生180度大转弯，由“入赣”作战变为“入鄂”作战，并以此开始大规模的准备。
危局，危局，袁世凯听说李纯放弃南昌大为光火，丢了江西，湖北将陷入讨袁军包夹之中。袁世凯对外界极力掩盖江西的战况，但北洋军在江西失利的消息早已传遍了整个江南，有心者都关注着江西的战事，气急败坏的袁世凯调动力量策应江西战线，北洋军舰队主力奉命开赴江西。
江西的李纯正突破重重阻碍沿着南浔铁路杀向九江，身后的皖军如同野狗一样追着他们，落单就意味着必死。
走则生，停则死，全军上下都完全清楚这个道理。
杨洪森给王文远等人的命令是，“如有条件坚决阻击将其消灭，条件不允许可放入九江再行消灭。”
收到杨洪林的电令后，王文远将九江城内的居民全部疏散，准备在九江与北洋军决战。
南线陶继光与王振武等将领作为第二支北伐军进驻南昌城，杨洪森随即任命陶继光担任江西省长，方振武担任江西军政部长。工作重点要放在恢复江西工农业生产、稳定社会、治安，发展县一级党支部，巩固江西根据地，保卫胜利成果。为此，军事任务暂时退居次要位置。
李纯经过一系列苦战，在左右夹击、前堵后追之下终于到达了九江城下，在海军的全力支援下，迫使守军撤出九江。随李纯从南昌杀出来的3万大军，此时只剩下不足8000人，皖军主力正在陆续汇集中，九江城外操着各式武器从四面八方赶来的援军有3、4万之众。至12月8日，北洋军在江西只剩下了九江这一处桥头堡。除了九江城内的北洋军以及“撤入”湖南的部队，北洋政府这十数天的时间里损兵近4万人。
12月10日，方文远按照杨洪森的指示精神，发动对江西北洋军的最后一击。
遭到“化学弹”攻击的北洋军乱成一片，主将李纯因吸入“毒气”昏迷不醒，北洋军指挥系统崩溃，众兵将出城后拥挤在商埠外的码头处，李纯本人在众卫士的保护上船后安全撤至劳家渡，后转至租界接受西式治疗。
“化学弹”的效果让袁世凯大为震惊，九江城内的守军有半数因为吸入有毒气体死亡或失去战斗能力。
袁世凯急忙向各国提出请求，向他们购买“化学”炮弹。
“化学弹”这种非常规武器，各国可能有，但不会放在货架上，更不会大声的叫卖。上海的各国军火商再怎么了不得也还是常规武器供应商。他们回答没有，袁世凯来说就是拒绝向其出售。但是，某些军火商私下答应愿为北洋政府提共有毒化学品方便其自行加工。
西方各国对江西战事逆转大为不安，以英、法为首的西方各国敦促南北和谈。英国方面更是应北洋政府请求，派出舰队进入长江，公开阻止南军渡江进入湖北。为此，杨洪森派代表向英国方面表示抗议。
“如果英国舰只阻挠、攻击起义军，军政府将不得不启动应急措施。”
英国方面并不是铁了心的要帮袁世凯，只是通过武力威慑，吓吓杨洪森，看到杨洪森强硬的态度后，他们的态度随即转变。
“英国舰队进入长江，只在保护各国在湖北侨民安全。”
英国公使在北京呼吁南北双方进行谈判，雷曼再次造访安徽，这次他带来了袁世凯的诚意。
“我的朋友，胜利有大门已经被我打开，你认为我会同意停战？”
“停战对双方都有好处，袁总统愿意与您合作，并提名您为副总统，保证社会人民党在安徽、江西地位……，战争持续了这么长时候，平民伤亡数十万，流离失所之达百万，中华再也经受不起如此大的折腾了……。”雷曼引诱加动情的述说并没有打出杨洪森的心，“这是袁总统为你准备的100万英镑，他愿意在这个基础上与您商谈和平。”
雷曼与杨洪森的接触没有取得实质性进展，袁世凯的第二波谈判代表就到了。北方代表频繁通过第三方与杨洪森接触，让宋教仁感觉不安，他找到杨洪森陈述现下有利之形势，杨洪森没有就下一步给予他明确的答复，所以致电孙中山，希望应立即回国，在宋教仁看来杨洪森可能会听取孙中山的意见，坚持武力斗争。
孙中山虽然有意回国，但是却受到日本政府的严加阻挠无法成行。为了尽快回国的孙中山，乘坐美国火轮前往檀香山，转道返回国内。在孙中山未回国之季，袁世凯开动宣传机器大谈和平，甚至为了天下百姓愿意放下私人恩怨，为中华崛起而努力，袁世凯的转变更有进步党领袖黎元洪的摇旗助威，其他小党派也起哄敦促杨洪森接受政府和平条约。袁世凯甚至不惜花重金联络朱瑞、谭延?、孙道仁。朱瑞力主和平谈判；谭延?主要还是看杨洪森的态度；孙道仁一时难以决断；那些被杨洪森驱逐的“右派”也跳出来大声附合和平谈判，一时全国上下都和平之声。