为了切断后撤的中国军队的退路，日本飞机早在12月12日就对浦口进行了猛烈的轰炸。遗憾的是，几乎所有的英国船只也遭到了猛烈的攻击，这其中包括帮助德国人逃走的怡和洋行的那艘三桅帆船。这天，日本人的摩托艇也出现在江面上，但是行动非常谨慎。12月13日日本军队继续进行追击。日本人派出一支部队渡过扬子江到达浦口，从而阻断了剩余中国军队的最后退路。幸运的是这支部队没能按照预定的计划于12月12日迅速突进到浦口。12月13日晚上，扬子江上的日本军舰也开始开炮射击，到了深夜仍然能听到隆隆的炮击声和爆炸声，炮击的目标显然是城外的公路和铁路。军舰的炮击也迟了一天，所以中国军队虽然付出了无法统计的沉重代价，但仍然完成了撤退。如果情况不是这样，中国军队根本不可能撤出南京城。
12月13日下午，我接管了已经改成医院的外交部。那里的状况糟糕得已经无法用语言形容，这简直可以说是中国军队的耻辱，伤员们都被扔在那里，两三天来得不到护理，没人去照料这些最可怜的人，所有的医护人员都逃走了。令人钦佩的是，中国红十字会向这些伤员送去了关怀，派去了男女护理人员，但是医生太少。这里要做的首先是清理武器，那里到处都是武器，数目众多，而且完整成套。日本人是很喜欢找借口的，他们很有可能会以武器为由把伤员都处死。这天下午人们终于清除了不堪入目的污秽，当然，首先要清理的是尸体。伤员们吃到了第一顿饭。但是医疗救治的状况仍然非常糟糕，我希望日军完成占领后情况会有好转。这天夜里几支巡逻队来到这里进行了检查，星期二的上午日本人占领了全城。我先是带着一名高级军官开车到各处转了一圈，他好像是得到命令要准确地根据时间来确定视察进程。我告诉他，一直到国际俱乐部已经没有整支的中国军队了。他准予我们从中央大学(后来也变成了一所医院)运两卡车包扎用品、夹板和药品等物资。在中央大学人们也给予了很大的配合，没有创造任何困难。
但是到了这一天的下午，日本人的态度出现了巨大的转变。我说服了4名医生到医院去，但是那里却禁止我入内。在这段时间里，城市已经完全掌握在日本人的手中，日本人占领了所有的公共建筑，所有地方都禁止我们入内，就连我们建立了大型难民收容所的地方也不例外。人们答应我们，等到最高司令官松井抵达后情况会改变。在这里有必要先说一下，即使到今天，医院方面的情况仍然没有丝毫好转。日本人对我们说，我们可以安葬死者，伤员由军方负责照料。截至今天，我们所能弄进去的只有大米，而护理人员、医生和医疗物资一律不准进入。根据接收医院时查明的情况来看，里面的死亡率相当高，只有轻伤员才有希望活下去，当然还得要有一个前提，就是他们没有紧接着就被日本人枪毙掉。根据报纸的报道，医护人员的护理是不错的，对伤员也还是有照料的，尽管这种照料是很不周全的。有关这方面的情况我们也得到了护理人员的证实，但是尽管如此，我们一直到今天仍然不准进入医院察看。
从12月14日起，局势出现急剧恶化。日本的战斗部队因为进军过快，出现补给不足，城市便听任他们处置，他们的所作所为，尤其是对最贫穷最无辜的人的所作所为，完全超出了常人所能想象的地步。他们抢走难民(穷人中最穷的人)的大米，凡是能拿走的粮食储备他们悉数掠定，他们还抢睡觉用的棉被、衣物以及手表、手镯，一句话，凡是他们觉得值得带走的东西，就全部抢走。谁要是稍有犹豫，就会立即遭到刺刀戳刺，有不少人就是在不明不白之中在这种野蛮行径之下惨遭杀害，成千上万的人就这样被杀害了。这些已经堕落成野兽的兵匪不断地闯进难民区和挤满难民的房子，甚至连先行抢劫的士兵不屑一顾的东西也不放过。今天在南京城，几乎已找不到没有被日本士兵砸开、野蛮搜查和抢劫的房子。上锁的门和橱柜被强行砸开，里面的东西被翻得七零八落，东西被抢走，或被弄坏。日本人从一开始到现在根本就不尊重外国国旗，对德国国旗也同样如此。
我们必须采取强硬的态度并指明我们的德国国旗，才能保护我们的财产和我们的佣人，但是这样做经常要面对日军军官和士兵的威胁。每个人离开自己家的时候，时时刻刻都要做好思想准备，家里会被偷，会被抢。我的车停放在车库里，前轮已经拆下来，可是就在我和日军后勤部队几个高级军官商讨电厂和水厂恢复生产事宜时，就这么一辆车竟然也被从车库里偷走了。佣人们在刺刀的威胁下被迫打开大门把所有的东西都交出去。在我们的房子前面，有3具尸体已经暴露街头达3周之久。在这种情况下，我怎么能指望我的佣人们能够拿出英雄主义气概来呢？它只会招惹日本人的残酷报复。显然日本人特别注意的目标是运输工具，他们四处搜寻偷抢汽车和自行车，如果弄不到运输工具，他们就命令佣人或收容所的难民为他们搬运偷抢来的物品。经常可以看到一个士兵在后面用枪逼4名苦力拖运偷抢来的物品。拖运的工具有童车、手推车、驴子、骡子等等，总之，凡是可以找到的东西都用上了。这种有组织的偷抢持续了两个多星期。即使到了今天，也不能说哪所房子肯定不会受到某些旨在“征收军用物资”的日本军队的骚扰。贵重物品拿完了，就拖家具、地毯、门和门窗框。有些部队甚至还带上专门偷盗保险箱的大盗，其实有些保险箱只需用步枪子弹或手榴弹就可以打开。54所德国人的房子中，有14所受到轻微损坏，4所完全烧毁，15所遭严重抢劫，也可以说里面的东西全被破坏掉了，其余的房子遭到了偷抢。13辆汽车被盗走。当然遭受灾难最深重的还要算各个难民收容所，因为每一个第一次到安全区大行抢劫的日本部队都以为，靠威胁和暴行就可以从难民身上讹诈到更多的东西，难民由此而被逼上了绝路。
中国军队撤退的时候，砸开并抢劫了一些粮店，也有几处发生了火灾。但是绝大部分城区在日军进城的时候完好无损。日本人用大手笔完成了一个巨作，也许唯一使他们感到遗憾的是，他们只能在各个地方一所一所地烧房子，他们恨不能一下子把整个南京城烧个精光。不过即便是这样，也已经是太不像话了。他们挨个儿撬店砸铺，抢劫店内的东西。如果单个士兵人手不够，就会有小分队在军官的指挥下开着卡车抢走所有值得拿走的东西，完后还要把房子付诸一炬。整个城南夫子庙地区，主要商业街太平路、中山东路、国府路、珠江路就是这样被掠夺一空纵火焚尽，现在轮到了中山路。这种有组织的纵火焚烧开始于12月20日，自那以后一直到今天，没有一天晚上夜空不被火光映照得通红。如果有房子遗漏或跳了过去，那还要细心地给它补上一把火。截至今天，全城估计约有百分之五十至百分之六十的房屋被烧毁。
城里到处被丢弃的军装告诉日本人，城里还有许多中国士兵，他们已经穿上平民的服装藏了起来。因此日本人在12月14日占领全城后，立即开始在整座城市，尤其是在难民收容所进行了严厉的搜查。他们打着这个幌子，干着各种各样残暴的事情。为了一点点无关紧要的小事就滥杀无辜，无缘无故处死人，这类事件每天不知要发生多少起。对收容所的搜查完全是随意进行的。平民百姓中根本没有人开枪射击，但是在几天中估计有5000人未经临时军事法庭审判就被枪毙，这个估计只会少不会多，大部分人在江边被处决，这样连埋葬尸体的辛劳都可以免去了。即使在今天，在强迫每个居民进行登记的时候，这种把人筛选出来予以处死的无谓的杀戮行为仍然在继续进行，只不过人数比以前有所减少罢了。如果说在开始的时候毫无意义地屠杀大批已经放下武器或者已经受伤的士兵、市政管理部门人员、水电厂的工人以及和平的居民和农民是为了显示对南京城的军事占领的话，那么在这之后再大肆屠杀成千上万的人就是不可饶恕和不可开脱的了。在12月14日到12月26日期间，交通部不远的街道旁躺着约30具苦力和士兵的尸体，他们是被捆绑起来枪杀的。距山西路不远的一个池塘里泡着约50具尸体，在一座寺庙里我看见了约20具尸体，在江苏路的尽头，至今仍有约20具尸体暴露于街头。以上所说的一切还不包括那些在山里被枪毙后草草掩埋的那些人。今天，日本人还想让我们相信，许多被抓走的人都被关押在八卦洲岛上或者被运到了其他什么地方，其实显然根本不存在战俘。
16日开车去下关，经过海军部时，汽车简直就是碾着尸体开过去的，这里也有一批人被捆绑着双手遭到了枪杀。城市的清理工作一直持续到了12月29日。在这之前，人们不得不天天从这些尸体旁边经过。我甚至连做梦都会梦见这些尸体。前面已经提到过，我们的房子前面就有3具尸体和一匹死马。日本人严格禁止殓尸。那匹死马一直到了1月9日我才找人埋掉。