甲寅，以冀州牧窦融为大司空。融自以非旧臣，一旦入朝，在功臣之右，每召会进见，容貌辞气，卑恭已甚，帝以此愈亲厚之。融小心，久不自安，数辞爵位，上疏曰：“臣融有子，朝夕教导以经艺，不令观天文，见谶记，诚欲令恭肃畏事，恂恂守道，不愿其有才能，何况乃当传以连城广土，享故诸侯王国哉！”因复请间求见，帝不许。后朝罢，逡巡席后，帝知欲有让，遂使左右传出。它日会见，迎诏融曰：“日者知公欲让职还土，故命公暑热且自便。今相见，宜论它事，勿得复言。”融不敢重陈请。
王月，匈奴寇河东。
世祖光武皇帝中之下建武十四年（戊戌，公元三八年）
夏，邛谷王任贵遣使上三年计，即授越巂太守。
秋，会稽大疫。
莎车王贤、鄯善王安皆遣使奉献。西域苦匈奴重敛，皆愿属汉，复置都护；上以中国新定，不许。
太中大夫梁统上疏曰：“臣窃见元帝初元五年，轻殊死刑三十四事，哀帝建平元年，轻殊死刑八十一事；其四十二事手杀人者，减死一等。自是以后，著为常准，故人轻犯法，吏易杀人。臣闻立君之道，仁义为主，仁者爱人，义者正理。爱人以除残为务，正理以去乱为心；刑罚在衷，无取于轻。高帝受命，约令定律，诚得其宜，文帝唯除省肉刑、相坐之法，自馀皆率由旧章。至哀、平继体，即位日浅，听断尚寡。丞相王嘉轻为穿凿，亏除先帝旧约成律，数年之间百有馀事，或不便于理，或不厌民心，谨表其尤害于体者，傅奏于左。愿陛下宣诏有司，详择其善，定不易之典。”事下公卿。光禄勋杜林奏曰：“大汉初兴，蠲除苛政，海内欢欣；及至其后，渐以滋章。果桃菜茹之馈，集以成赃，小事无妨于义，以为大戮。至于法不能禁，令不能止，上下相遁，为敝弥深。臣愚以为宜如旧制，不合翻移。”统复上言曰：“臣之所奏，非曰严刑。《经》曰：‘爰制百姓，于刑之衷。’衷之为言，不轻不重之谓也。自高祖至于孝宣，海内称治，至初元、建平而盗贼浸多，皆刑罚不衷，愚人易犯之所致也。由此观之，则刑轻之作，反生大患，惠加奸轨，而害及良善也！”事寝，不报。
世祖光武皇帝中之下建武十五年（己亥，公元三九年）
春，正月，辛丑，大司徒韩歆免。歆好直言，无隐讳，帝每不能容。歆于上前证岁将饥凶，指天画地，言甚刚切，故坐免归田里。帝犹不释，复遣使宣诏责之；歆及子婴皆自杀。歆素有重名，死非其罪，众多不厌；帝乃追赐钱谷，以成礼葬之。
臣光曰：昔高宗命说曰：“若药弗瞑眩，厥疾弗瘳。”夫切直之言，非人臣之利，乃国家之福也。是以人君夙夜求之，唯惧弗得闻。惜乎，以光武之世而韩歆用直谏死，岂不为仁明之累哉！
丁未，有星孛于昴。
以汝南太守欧阳歙为大司徒。
匈奴寇钞日盛，州郡不能禁。二月，遣吴汉率马成、马武等北击匈奴，徙雁门、代郡、上谷吏民六万馀口置居庸、常山关以东，以避胡寇。匈奴左部遂复转居塞内，朝廷患之，增缘边兵，部数千人。
夏，四月，丁巳，封皇子辅为右翊公，英为楚公，阳为东海公，康为济南公，苍为东平公，延为淮阳公，荆为山阳公，衡为临淮公，焉为左翊公，京为琅邪公。癸丑，追谥兄縯为齐武公，兄仲为鲁哀公。帝感縯功业不就，抚育二子章、兴，恩爱甚笃。以其少贵，欲令亲吏事，使章试守平阴令，兴缑氏令。其后章迁梁郡太守，兴迁弘农太守。
帝以天下垦田多不以实自占，又户口、年纪互有增减，乃诏下州郡检核。于是刺史、太守多为诈巧，苟以度田为名，聚民田中，并度庐屋、里落，民遮道啼呼；或优饶豪右，侵刻赢弱。时诸郡各遣使奏事，帝见陈留吏牍上有书，视之云：“颍川、弘农可问，河南、南阳不可问。”帝诘吏由趣，吏不肯服，抵言“于长奉街上得之”，帝怒。时东海公阳年十二，在幄后言曰：“吏受郡敕，当欲以垦田相方耳。”帝曰：“即如此，何故言河南、南阳不可问？”对曰：“河南帝城，多近臣；南阳帝乡，多近亲；田宅逾制，不可为准。”帝令虎贲将诘问吏，吏乃实首服，如东海公对。上由是益奇爱阳。遣谒者考实二千石长吏阿枉不平者。
冬，十一月，甲戌，大司徒歙坐前为汝南太守，度田不实，赃罪千馀万，下狱。歙世授《尚书》，八世为博士，诸生守阙为歙求哀者千馀人，至有自髡剔者。平原礼震年十七，求代歙死。帝竟不赦，歙死狱中。
十二月，庚午，以关内侯戴涉为大司徒。卢芳自匈奴复入居高柳。是岁，骠骑大将军杜茂坐使军吏杀人，免。使扬武将军马成代茂，缮治障塞，十里一候，以备匈奴。使骑都尉张堪领杜茂营，击破匈奴于高柳。拜堪渔阳太守。堪视事八年，匈奴不敢犯塞，劝民耕稼，以致殷富。百姓歌曰：“桑无附枝，麦穗两歧。张君为政，乐不可支！”
安平侯盖延薨。
交趾麊泠县雒将女子征侧，甚雄勇，交趾太守苏定以法绳之，征侧忿怨。
世祖光武皇帝中之下建武十六年（庚子，公元四零年）
春，二月，征侧与其妹征贰反，九真、日南、合浦蛮俚皆应之，凡略六十五城，自立为王，都麊泠。交趾剌史及诸太守仅得自守。
三月，辛丑晦，日有食之。秋，九月，河南尹张亻及及诸郡守十馀人皆坐度田不实，下狱死。后上从容谓虎贲中郎将马援曰：“吾甚恨前杀守、相多也！”对曰：“死得其罪，何多之有！但死者既往，不可复生也！”上大笑。
郡国群盗处处并起，郡县追讨，到则解散，去复屯结，青、徐、幽、冀四州尤甚。冬，十月，遣使者下郡国，听群盗自相纠擿，五人共斩一人者，除其罪；吏虽逗留回避故纵者，皆勿问，听以禽讨为效。其牧守令长坐界内有盗贼而不收捕者，又以畏忄耎捐城委守者，皆不以为负，但取获贼多少为殿最，唯蔽匿者乃罪之。于是更相追捕，贼并解散，徙其魁帅于它郡，赋田受禀，使安生业。自是牛马放牧不收，邑门不闭。
卢芳与闵堪使使请降，帝立芳为代王，堪为代相，赐缯二万匹，因使和集匈奴。芳上疏谢，自陈思望阙庭；诏报芳朝明年正月。初，匈奴闻汉购求芳，贪得财帛，故遣芳还降。既而芳以自归为功，不称匈奴所遣，单于复耻言其计，故赏遂不行。由是大恨，入寇尤深。
马援奏宜如旧铸五铢钱，上从之；天下赖其便。
卢芳入朝，南及昌平，有诏止，令更朝明岁。
世祖光武皇帝中之下建武十七年（辛丑，公元四一年）
春，正月，赵孝公良薨。初，怀县大姓李子春二孙杀人，怀令赵熹穷治其奸，二孙自杀，收系子春。京师贵戚为请者数十，熹终不听。及良病，上临视之，问所欲言，良曰：“素与李子春厚，今犯罪，怀令赵熹欲杀之，愿乞其命。”帝曰：“吏奉法律，不可枉也。更道它所欲。”良无复言。既薨，上追思良，乃贳出子春。迁熹为平原太守。二月，乙未晦，日有食之。
夏，四月，乙卯，上行幸章陵；五月，乙卯，还宫。六月，癸巳，临淮怀公衡薨。
妖贼李广攻没皖城，遣虎贲中郎将马援、骠骑将军段志讨之。秋，九月，破皖城，斩李广。
郭后宠衰，数怀怨怼，上怒之。冬，十月，辛巳，废皇后郭氏，立贵人阴氏为皇后。诏曰：“异常之事，非国休福，不得上寿称庆。”郅恽言于帝曰：“臣闻夫妇之好，父不能得之于子，况臣能得之于君乎！是臣所不敢言。虽然，愿陛下念其可否之计，无令天下有议社稷而已。”帝曰：“恽善恕己量主，知我必不有所左右而轻天下也！”帝进郭后子右翊公辅为中山王，以常山郡益中山国，郭后为中山太后，其馀九国公皆为王。
甲申，帝幸章陵，修园庙，祠旧宅，观田庐，置酒作乐，赏赐。时宗室诸母因酣悦相与语曰：“文叔少时谨信，与人不款曲，唯直柔耳，今乃能如此！”帝闻之，大笑曰：“吾治天下，亦欲以柔道行之。”十二月，还自章陵。
是岁，莎车王贤复遣使奉献，请都护；帝赐贤西域都护印绶及车旗、黄金、锦绣。敦煌太守裴遵上言：“夷狄不可假以大权；又令诸国失望。”诏书收还都护印绶，更赐贤以汉大将军印绶；其使不肯易，遵迫夺之。贤由是始恨，而犹诈称大都护，移书诸国，诸国悉服属焉。
匈奴、鲜卑、赤山乌桓数连兵入塞，杀略吏民；诏拜襄贲令祭肜为辽东太守。肜有勇力，虏每犯塞，常为士卒锋，数破走之。肜，遵之从弟也。
征侧等寇乱连年，诏长沙、合浦、交趾具车船，修道桥，通障谿，储粮谷，拜马援为伏波将军，以扶乐侯刘隆为副，南击交趾。
世祖光武皇帝中之下建武十八年（壬寅，公元四二年）
二月，蜀郡守将史歆反，攻太守张穆，穆逾城走；宕渠杨伟等起兵以应歆。帝遣吴汉等将万馀人讨之。
甲寅，上行幸长安；三月，幸蒲坂，祠后土。
马援缘海而进，随山刊道千馀里，至浪泊上，与征侧等战，大破之，追至禁谿，贼遂散走。
夏，四月，甲戌，车驾还宫。
戊申，上行幸河内；戊子，还宫。
五月，旱。
卢芳自昌平还，内自疑惧，遂复反，与闵堪相攻连月，匈奴遣数百骑迎芳出塞。