乙酉，诏废太子承乾为庶人，幽于右领军府。上欲免汉王元昌死，群臣固争，乃赐自尽于家，而宥其母、妻、子。侯君集、李安俨、赵节、杜荷等皆伏诛。左庶子张玄素、右庶子赵弘智、令狐德棻等以不能谏争，皆坐免为庶人。馀当连坐者，悉赦之。詹事于志宁以数谏，独蒙劳勉。以纥干承基为祐川府折冲都尉，爵平棘县公。
侯君集被收，贺兰楚石复诣阙告其事，上引君集谓曰：“朕不欲令刀笔吏辱公，故自鞫公耳。”君集初不承。引楚石具陈始未，又以所与承乾往来启示之，君集辞穷，乃服。上谓侍臣曰：“君集有功，欲乞其生，可乎？”群臣以为不可。上乃谓君集曰：“与公长诀矣！”因泣下，君集亦自投于地；遂斩之于市。君集临刑，谓监刑将军曰：“君集蹉跌至此！然事陛下于籓邸，击取二国，乞全一子以奉祭祀。”上乃原其妻及子，徙岭南。籍没其家，得二美人，自幼饮人乳而不食。
初，上使李靖教君集兵法，君集言于上曰：“李靖将反矣。”上问其故，对曰：“靖独教臣以其粗而匿其精，以是知之。”上以问靖，靖对曰：“此乃君集欲反耳。今诸夏已定，臣之所教，足以制四夷，而君集固求尽臣之术，非反而何！”江夏王道宗尝从容言于上曰：“君集志大而智小，自负微功，耻在房玄龄、李靖之下，虽为吏部尚书，未满其志。以臣观之，必将为乱。”上曰：“君集材器，亦何施不可！朕岂惜重位，但次第未至耳，岂可亿度，妄生猜贰邪！”及君集反诛，上乃谢道宗曰：“果如卿言！”
李安俨父，年九十馀，上愍之，赐奴婢以养之。
太子承乾既获罪，魏王泰日入侍奉，上面许立为太子，岑文本、刘洎亦劝之；长孙无忌固请立晋王治。上谓侍臣曰：“昨青雀投我怀云：‘臣今日始得为陛下子，乃更生之日也。臣有一子，臣死之日，当为陛下杀之，传位晋王。’人谁不爱其子，朕见其如此，甚怜之。”谏议大夫褚遂良曰：“陛下言大失。愿审思，勿误也！安有陛下万岁后，魏王据天下，肯杀其爱子，传位晋王者乎！陛下日者既立承乾为太子，复宠魏王，礼秩过于承乾，以成今日之祸。前事不远，足以为鉴。陛下今立魏王，愿先措置晋王，始得安全耳。”上流涕曰：“我不能尔！”因起，入宫。魏王泰恐上立晋王治，谓之曰：“汝与元昌善，元昌今败，得无忧乎？”治由是忧形于色，上怪，屡问其故，治乃以状告；上怃然，始悔立泰之言矣。上面责承乾，承乾曰：“臣为太子，复何所求！但为泰所图，时与朝臣谋自安之术，不逞之人遂教臣为不轨耳。今若泰为太子，所谓落其度内。”
承乾既废，上御两仪殿，群臣俱出，独留长孙无忌、房玄龄、李世勣、褚遂良，谓曰：“我三子一弟，所为如是，我心诚无聊赖！”因自投于床，无忌等争前扶抱；上又抽佩刀欲自刺，遂良夺刀以授晋王治。无忌等请上所欲，上曰：“我欲立晋王。”无忌曰：“谨奉诏；有异议者，臣请斩之！”上谓治曰：“汝舅许汝矣，宜拜谢。”治因拜之。上谓无忌等曰：“公等已同我意，未知外议何如？”对曰：“晋王仁孝，天下属心久矣，乞陛下试召问百官，有不同者，臣负陛下万死。”上乃御太极殿，召文武六品以上，谓曰：“承乾悖逆，泰亦凶险，皆不可立。朕欲选诸子为嗣，谁可者？卿辈明言之。”众皆欢呼曰：“晋王仁孝，当为嗣。”上悦，是日，泰从百馀骑至永安门；敕门司尽辟其骑，引泰入肃章门，幽于北苑。丙戌，诏立晋王治为皇太子，御承天门楼，赦天下，酺三日。上谓侍臣曰：“我若立泰，则是太子之位可经营而得。自今太子失道，籓王窥伺者，皆两弃之，传诸子孙，永为后法。且泰立，则承乾与治皆不全；治立，则承乾与泰皆无恙矣。”
臣光曰：唐太宗不以天下大器私其所爱，以杜祸乱之原，可谓能远谋矣！
丁亥，以中书令杨师道为吏部尚书。初，长广公主适赵慈景，生节；慈景死，更适师道。师道与长孙无忌等共鞫承乾狱，阴为赵节道地，由是获谴。上至公主所，公主以首击地，泣谢子罪，上亦拜泣曰：“赏不避仇雠，罚不阿亲戚，此天下至公之道，不敢违也，以是负姊。”
己丑，诏以长孙无忌为太子太师，房玄龄为太傅，萧瑀为太保，李世勣为詹事，瑀、世勣并同中书门下三品。同中书门下三品自此始。又以左卫大将军李大亮领右卫率，前詹事于志宁、中书侍郎马周为左庶子，吏部侍郎苏勖、中书舍人高季辅为右庶子，刑部侍郎张行成为少詹事，谏议大夫褚遂良为宾客。
李世勣尝得暴疾，方云“须灰可疗”；上自剪须，为之和药。世勣顿首出血泣谢。上曰：“为社稷，非为卿也，何谢之有！”世勣尝侍宴，上从容谓曰：“朕求群臣可托幼孤者，无以逾公，公往不负李密，岂负朕哉！”世勣流涕辞谢，啮指出血，因饮沉醉；上解御服以覆之。
癸巳，诏解魏王泰雍州牧、相州都督、左武侯大将军，降爵为东莱郡王。泰府僚属为泰所亲狎者，皆迁岭表；以杜楚客兄如晦有功，免死，废为庶子。给事中崔仁师尝密请立魏王泰为太子，左迁鸿胪少卿。
庚子，定太子见三师仪：迎于殿门外，先拜，三师答拜；每门让于三师。三师坐，太子乃坐。其与三师书，前后称名、“惶恐”。
五月，癸酉，太子上表，以“承乾、泰衣服不过随身，饮食不能适口，幽忧可愍，乞敕有司，优加供给。”上从之。
黄门侍郎刘洎上言，以“太子宜勤学问，亲师友。今入侍宫闱，动逾旬朔，师保以下，接对甚希，伏愿少抑下流之爱，弘远大之规，则海内幸甚！”上乃命洎与岑文本、褚遂良、马周更日诣东宫，与太子游处谈论。
六月，己卯朔，日有食之。
丁亥，太常丞邓素使高丽还，请于怀远镇增戍兵以逼高丽。上曰：“‘远人不服，则修文德以来之’。未闻一二百戍兵能威绝域者也！”丁酉，右仆射高士廉逊位，许之，其开府仪同三司、勋封如故，仍同门下中书三品，知政事。闰月，辛亥，上谓侍臣曰：“朕自立太子，遇物则诲之，见其饭，则曰：‘汝知稼穑之艰难，则常有斯饭矣。’见其乘马，则曰：‘汝知其劳逸，不竭其力，则常得乘之矣。’见其乘舟，则曰：‘水所以载舟，亦所以覆舟，民犹水也，君犹舟也。’见其息于木下，则曰：‘木从绳则正，后从谏则圣。’”
丁巳，诏太子知左、右屯营兵马事，其大将军以下并受处分。
薛延陀真珠可汗使其侄突利设来纳币，献马五万匹，牛、橐驼万头，羊十万口。庚申，突利设献馔，上御相思殿，大飨群臣，设十部乐，突利设再拜上寿，赐赉甚厚。
契苾何力上言：“薛延陀不可与昏。”上曰：“吾已许之矣，岂可为天子而食言乎！”何力对曰：“臣非欲陛下遽绝之也，愿且迁延其事。臣闻古有亲迎之礼，若敕夷男使亲迎，虽不至京师，亦应至灵州；彼必不敢来，则绝之有名矣。夷男性刚戾，既不成昏，其下复携贰，不过一二年必病死，二争立，则可以坐制之矣！”上从之，乃征真珠可汁使亲迎，仍发诏将幸灵州与之会。真珠大喜，欲诣灵州，其臣谏曰：“脱为所留，悔之无及！”真珠曰：“吾闻唐天子有圣德，我得身往见之，死无所恨，且漠北必当有主。我行决矣，勿复多言！”上发使三道，受其所献杂蓄。薛延陀先天库厩，真珠调敛诸部，往返万里，道涉沙碛，无水草，耗死将半，失期不至。议者或以为聘财未备而与为昏，将使戎狄轻中国，上乃下诏绝其昏，停幸灵州，追还三使。
褚遂良上疏，以为：“薛延陀本一俟斤，陛下荡平沙塞，万里萧条，馀寇奔波，须有酋长，玺书鼓纛，立为可汗。比者复降鸿私，许其姻媾，西告吐蕃，北谕思摩，中国童幼，靡不知之。御幸北门，受其献食，群臣四夷，宴乐终日。咸言陛下欲安百姓，不爱一女，凡在含生，孰不怀德。今一朝生进退之意，有改悔之心，臣为国家惜兹声听；所顾甚少，所失殊多，嫌隙既生，必构边患。彼国蓄见欺之怒，此民怀负约之惭，恐非所以服远人、训戎士也。陛下君临天下十有七载，以仁恩结庶类，以信义抚戎夷，莫不欣然，负之无力，何惜不使有始有卒乎！夫龙沙以北，部落无算，中国诛之，终不能尽，当怀之以德，使为恶者在夷不在华，失信者在彼不在此，则尧、舜、禹、汤不及陛下远矣！”上不听。
是时，群臣多言：“国家既许其昏，受其聘币，不可失信戎狄，更生边患。”上曰：“卿曹皆知古而不知今。昔汉初匈奴强，中国弱，故饰子女、捐金絮以饵之，得事之宜。今中国强，戎狄弱，以我徒兵一千，可击胡骑数万。薛延陀所以匍匐稽颡，惟我所欲，不敢骄慢者，以新为君长，杂姓非其种族，欲假中国之势以威服之耳。彼同罗、仆骨、回纥等十馀部，兵各数万，并力攻之，立可破灭，所以不敢发者，畏中国所立故也。今以女妻之，彼自恃大国之婿，杂姓谁敢不服！戎狄人面兽心，一旦微不得意，必反噬为害。今吾绝其昏，杀其礼，杂姓知我弃之，不日将瓜剖之矣，卿曹第志之。”
臣光曰：孔子称去食、去兵，不可去信。唐太宗审知薛延陀不可妻，则初勿许其昏可也；既许之矣，乃复恃强弃信而绝之，虽灭薛延陀，犹可羞也。