30万大军在人数上虽有绝对优势，但胡人机动性极高，长征军补给困难，蒙恬不敢采持久战，只好也选择险要的地方修建长城以防守。他一口气完成34个城池，可见防守线拉得相当长。因此秦始皇干脆下令重修赵、秦、燕、魏等国的旧有城墙，将它们完全连在一起，以应付胡人的扰乱战术，这便是所谓的万里长城了。
秦国传统的“企业文化”本是勇猛而积极的，从建国始祖的秦仲、庄公、武公时，便常以极少的兵力和戎人周旋到底，并不断采取主动突击的战术，这也才是秦赢一族的立国精神。但统一后的内外不利局势，使秦国的作战力软化了，他们无法面对机动式的战法，只好修筑静态的防御城墙，充分显示秦赢传统文化的衰退。万里长城表面上固然可以防止敌人的随时入侵，但也限制了自己的北上发展。秦始皇修筑长城虽然也有他不得已的苦衷，但他对胡人的过度恐惧，以及对自己作战能力的丧失信心，都象征着秦赢一族赖以统一中国的活泼文化，已经荡然无存了。
政治斗争，惹出千古焚书奇案
对宰相李斯而言，最让他担心的是秦始皇对齐、鲁两地儒士及方土的特别照顾。或许有血脉相传的亲切感，本土派部落领袖对来自祖先所在地的东方学说也特别感兴趣，尤其受邹衍“阴阳五行说”的影响，很多儒生都成了方士。
或许统一后的工作压力太大，秦始皇也逐渐迷上了这些神秘主义论。韩终、侯公、石生、卢生、徐市都成了他的宠臣，他们以请求神仙寻找不死仙丹，来吸引信心和体力皆严重衰退的秦始皇。从28年首度东巡到32年间，秦始皇在这些人身上的确也花了不少钱财、人力、物力，其中尤以徐市带三千童男童女到东海求仙的规模最大。
“法家流”的李斯，师学自“性恶论”的苟子，思考模式上倾向理性推论，对于来自东方的儒学，一向便有“道不同不相为谋”的排斥心理。加上秦始皇着迷于刻石、封禅及求仙等行为，更使李斯对自己的地位和权力有着高度不安感，这些阿谀迎合的儒生和方士，无疑是他最具威胁性的敌人。
始皇34年，由于经济及文化统一政策推动的困难，引发不少政治危机，为压制各地方反对情绪，始皇不断展开长途的天下巡幸。但由于他自己经常不在皇宫指挥大局，也使朝廷的行政效率大降。与此同时又有北征匈奴、南伐百越、修筑长城、海外求仙等活动，加上修驰道、建宫殿和骊山陵工程，到处都在花大钱，使刚从数百年战乱中稳定下来的秦帝国，难免要国库空虚、民穷财尽了。
就在这一年，爆发了秦帝国成立以来最严重的政治斗争。
为庆祝对匈奴和百越的军事胜利，秦始皇在咸阳皇城大摆酒宴，特别邀请齐鲁一带儒学博士七十余人共宴。
主流派的外籍政团主将——官任仆射的周青臣，首先对秦始皇的功德大加称颂，秦始皇虽明知这不过一堆废话，但相对于困难重重的政局，这些表面上的成就也稍堪安慰了。
但博士集团领袖淳于越，对这些肉麻的歌功颂德颇为不满。他首先以殷周两王朝的长治久安，和目前的政局不稳作比较，指出症结在于制度，唯有封建子弟并依各地需要实施分权治理，才能解决当前问题。淳于越更直接指责主流派的官僚体系不正视问题，一味媚主面谀，“以重陛下之过，非忠臣也。”
秦始皇也深知问题的确严重，乃将淳于越恢复封建制度的提案，交付廷议讨论。
对这件事最受不了的便是主持廷议的左丞相李斯，当年他反对封建制度，强力主张郡县体制和中央集权。如果接受淳于越建议，便等于承认自己错误，不但颜面有损，自己的地位、权势都有可能大幅度削弱。
因此，李斯立刻展开严厉反击，他向秦始皇表示，制度没有所谓的好坏，最主要在是否合乎时代环境的需要。秦国目前的体制，在当代是最为理想的，因此更需要贯彻到底以竟全功。
“今天下已定，法令出一，百姓当家则力农工，士则学法令辟禁。今诸生不师今而学古，以非当世，惑乱黔首（百姓）。”
他直接攻击其政敌，当今法令不行，问题重重，主要便是大家都以私心来批评执政当局。因此要提高效率推动政务，便要设法压制这种不负责任的批评，使公权力可以完全贯彻。他指出：
“古时候天下散乱，缺乏固定标准，各地方有各地方的制度，因此研究学问的人，也喜欢以古讽今，以华美的论调来扰乱实际的治理……。如今皇上已并有天下，世间黑白分明定于一尊，如果私人为学再像以前一样的混歧，则政府命令一下，各学派争相议论，以批评皇上来提高虚名，以不同意见来显现自己高人一等，率领着学生批评政府，这样子皇上的权威必遭到破坏，朝廷也会形成各种不同的党争……。”
为了避免学者以古非今，造成公权力损害，最有效的方法便是实行严厉的思想统制了。
因此，李斯提出了他的构想：
“除了史官保存的，秦纪以外的历史全应烧毁，不是任博士官者，藏有诗书及诸子百家的，全加以烧毁。有随便谈颂诗书内容的，处死。以古非今者全家抄斩。官吏知道却不检举者视为同罪。此焚书令下30日内不烧书者，处以黥刑并发为奴隶。不必烧毁的只限于医药、卜筮、种树等书。若有想学习法令者，必须以吏为师。……”
商鞅以来的秦国政策，是以中央集权来集结各种力量，使秦国国力迅速增强，进而能统一天下。但统一后的秦皇室却因幅员过大，环境太复杂，丧失了执行政策的掌握力，进而造成统制上的无效和混乱。
但是当事者的秦始皇和李斯，虽感到问题的压力，却看不到问题的核心。以焚书政策来作思想的统一，已充分显示秦国当权者无力反应当时的环境，根本看不到自己的问题，秦帝国崩溃的危机已到了不可挽救的地步。
报复儒生，衍生坑儒大悲剧
淳于越的建议，原想让秦始皇放弃过于严厉的法治而以封建制度来解决各地区问题，特别是组织结构一向复杂的齐地。但想不到却换来了更严重的思想统制——焚书。
由于新法令非常严厉，再也没有儒生敢以身试法，提出反对意见。因此只好把不满的情绪转入地下活动，却反而使这股批评力量传播得更快。秦始皇和儒生的关系，也因这件事迅速恶化。
始皇35年，为突显秦始皇在皇室中的地位，决定在阿房宫加建“始皇登天台”。由于此事与宗教有关，始皇乃再度要求候公和卢生为其工作。
卢生等在求取仙药上绩效不佳，为害怕始皇追究，乃趁机先提出他们的建议：
“臣等为皇上求取灵芝仙药而屡次不获，是因皇廷内部有不良因素之所致……。为人主者应隐蔽自己的行为以避恶神，能避开恶神，仙人才肯到来。人主所居所行，臣下都很清楚，便会有碍神明降临意愿……因此，希望皇上日常所居及言行切勿随便为人所知，然后不死的仙药才能顺利获得。”
经过7、8年密切相处，卢生等人的确相当能掌握秦始皇的心理。对一向缺乏安全感又好疑的皇帝，最害怕的便是别人窥视他私底下的言行。卢生这些话，秦始皇不见得相信，但正好让他有足够理由来刻意掩饰其私下的言行。
没多久，有天秦始皇在新建成的梁山宫山上，看到宰相李斯的车骑阵容庞大，心中十分不满，便作了几句埋怨。侍从人员便将此事告诉李斯，李斯立刻减少跟随车骑。想不到秦始皇知道这件事后，勃然大怒，表示有人泄露其私下言行，便将当时在场的太监及侍从人员全部处死。虽然这件事所牵连的大多是嬖人而已，但所有的重臣和近臣都因而大感不安，再也不敢过分的亲近秦始皇了。
最感到害怕的，却是始作涌者的卢生，他和始皇间秘密的事情最多，万一哪天有所泄露，就准死无疑了。因此他和诸儒生相为谋道：
“始皇天性刚愎自用，并吞诸侯取得天下后，更是意得欲从，自以为功业冠古今。他重用狱吏及执法人员，虽有博士70人，备位而已。丞相等大臣也仅接受命令，一切以皇命为主。
“始皇喜欢以刑杀为威，天下人因为害怕犯罪，更想保持禄位，根本不敢真正尽忠。他从未听过批评，所以日益骄傲，下面的人只好以欺瞒掩饰来取得皇上欢心……天下事大小均取决于上，皇上每天处理公事以石（120公斤）计算，日夜不得休息，贪图权势如此，是不可能帮助他求得仙药的……。”
这虽仅是卢生逃避责任的借口，但从这里也可以看出，秦始皇到了晚年，由于受卢生等方士的影响，变得非常孤独；加上工作量庞大，日夜不得休息，更使他成了紧张而神经质的人。在这样的精神状态下，会作出怎么样的事情，其实已很难预料的了。
卢生这段话，自然很快在儒生及方士间传开，很多人更表示，连最亲密的战友卢生都跑了，始皇帝的确已到众叛亲离的地步了。
当这话传入秦始皇耳朵时，他暴怒了，立刻下达命令：
“前些日子我下令搜集诸子百家书籍，不中用的全烧毁，又召集如此多的文学方术之士到此，主要想让天下能兴盛而太平啊！如今韩终率领求仙者不知去向，徐市更耗费国家巨万钱财而毫无消息……。卢生等人我是何等地礼遇他们，现在却这样的诽谤我，到处说我的坏话……。