军队整编对杨洪森来讲是一个急需面对地现实问题，虽然杨洪林号称有近三十万的武装人员，但手上有枪的连三分之一占不到。至于，他们的战斗力更是参差不齐，杨洪森需要的是一支精干武装力量，更富有战斗力的队伍。即便袁世凯不下达整编的命令，杨洪森也会自己整编。
他需要更加纯洁，更加忠诚的部队，且服从于他个人的意志。
黄涣章的兵变，让杨洪森认识到必须要建立一支短小精干的武装力量来“保卫”挺进社总部的安全。
杨洪森的提议得到同志们一致赞同。这支部队的名称确实为“武装近卫军”，满编制为1226人，下辖：一个突击步兵营，一个机炮连，一个骑兵连。武装近卫军指挥官为冯达山，部队统一为德械，步枪均为最新式的毛瑟98，士兵制服为黑色，白手套、皮靴、皮带、德式m35式钢盔等等。除了那德式m35式钢盔有些难整之外，衣服、靴子、武装都差强人意地到位了。
袁世凯给了杨洪森二师一旅的编制，为了扼制杨洪森的军队发展，另派吴中英出任安徽军政司司长。而杨洪森的办法就是将那些从军队分流出来的武装人员转入警察系统，借整顿全省警察为契机，大肆组建“武装警察部队”
武装警察部队每个支队下辖三个步兵营；山炮、机炮、通信、特务各一连；工程、辎重、卫生各一排，暂编2500人。经军事委员会审核批准决定，先暂编十五个支队（即：安庆武警部队、徽州武警部队、宁国武警部队、池州武警部队、阜阳武警部队、六安武警部队、宿州武警部队、滁州武警部队、合肥武警部队、蚌埠武警部队、毫州武警部队、寿州武警部队、广德武警部队、和县武警部队、泗县武警部队）。这些武装警察部队，分别在安徽、合肥、寿州、芜湖、贵池，五个地区集中整编训练。
6月底，杨洪森已经按照中央指示顺利的完成了整编任务，通过整编杨洪森将陆军使用步枪统一成为79口径，并从上海订购买了一批57mm和75mm野炮，整编后的二师一旅，经过了军政司长吴中英的检阅，吴中英皖军整编情况如实地上报到了北京，这让袁世凯有一种被人算计的感觉，好在革命党中不是人人都如杨洪森这般舍得投资。
吴中英这个军政司长在安庆的日子并不好过，与朱家宝一样吴中英在安徽各种活动均在军情处王亚樵监控中。其来皖后不断约见各党派和无党派人士，同时着手恢复咨议局，取消军事委员会，虽然他浪费了很多的口水，收效却甚微。吴中英虽身居军政司司长一职，但是因为军事革命委员会的存在，让他这个司长完全成了摆设。想要夺回权利，就要取消革命军事委员会这个临时性机构。
可是这个机构，并不是想取消就取消，首先它是革命的军事委员会，取消它就是反革命，反革命就是反共和，反共和就是反总统，总统是谁，总统是袁世凯，革命军事委员会就要反过来镇压你。
吴中英只是在某一次例行会议中多了一句嘴，杨洪森就开始往死里整他。吴中英是中央下来又怎么样，照整。在安徽杨洪森的地盘里，想整死吴中英，那还不是想怎么整就怎么整。
“吴中英，老实交代你的罪行。”
“你们不能这样对我，我要见杨洪森。”
“上老虎凳。”
“杨洪森，你不得好死，总统不会放过你的。”
站在铁门外的杨洪森冷笑着，心道：不会放过我，那他也要知道才行。站在一边王亚樵的等待着杨洪森的进一步指令。
“委员长，要不要解决了他……。”
“看看能不能发展成我们的人，如果不能就让他自生自灭吧，不过最好是自杀。”
“明白，委员长。”
“那个，负责审讯的是什么人。”
“报告，他叫王炳坤，是原侦缉队的队长，在审讯方面颇有一手，所以我把他招募了过来。”
杨洪森点了点离开军情处的审讯室。
几天后，杨洪森在军事委员会的二层小洋楼内见到了出狱的吴中英，看到杨洪森后紧紧地抓着他的手哀求着，“给一点吧，给一点吧，就一点就行了，我就要一点……”
杨洪森还是很同情吴中英的，如果吴中英肯与他合作的话，也不会沦落到如今这样的下场。
吴中英同志在职期间，任劳任怨，终因积劳成疾，倒在了工作岗位，报经革命军事委员会批准，前往黄山疗养，民政司工作暂由徐岱荣同志接任，杨洪森按照组织程序上报给了中央。
自大吴中英被送往黄山疗养，袁世凯到是想继续派人再去安徽，可是没有人愿意去。
杨洪森到是很乖巧，亲自上书要求调往北京任职，同时希望北洋军能来安徽驻防。
到北京来任职拉倒吧，什么人都可以来北京，就他不能来北京。
派北洋军进驻安徽的想法，袁世凯虽然有过，但是最后在徐世昌的劝说下打消了。
听说杨洪森三十岁不到，袁世凯就开动脑筋在身边的人堆里为其找个老婆，段祺瑞、冯国璋等一帮子亲信哪个敢把女儿嫁给杨洪森，那可是个大火坑。
段祺瑞曾直言道，“杨洪森是魏延，脑后有反骨。”
冯国璋讥笑道，“魏延不会下围棋。”
段祺瑞不屑道，“你把女儿嫁给他。”
冯国璋：……。
段祺瑞是臭棋篓子在北洋那是出了名的，但是此人又好棋。据传闻杨洪森在武汉与段祺瑞谈判期间，相谈甚欢，后来两人兴起手谈数局后便翻了脸。据武汉英国领使馆内知情人透露，当他听到段祺瑞大骂杨洪森是“反贼”。
能让段祺瑞吃瘪，对冯国璋而言实在是一件让人高兴的事。可为了这，他还不至于把女儿往火坑里推。
袁世凯终究没能为找到合适的杨洪森配偶，不过他为杨洪森准备了一个男人，一个他所熟悉的男人，新任安徽都督柏文蔚。
安徽这天地，依然是杨洪森的天下，就算柏文蔚来到安庆，那也还是杨洪森的天下。
柏文蔚一段时间内都在南京，联军北伐南北议和之后他在徐州，袁世凯当选临时总统，下达全国部队整编的时候，他回到了南京，如果不是袁世凯的电报，他会继续留在南京。
在安徽杨洪森在政治推行的是“一党专制下的多党合作制度”。虽然重新恢复谘议局，但是有八成的议席控制在杨洪森手中，杨洪森毫无悬念地的击败了象征性的竞选对手后以高票当选为新一届安徽谘议局议长。
“一个领袖”、“一种主义”、“一种思想。”这就是杨洪森在挺进社安徽一次扩大会议的讲话，他在安徽省还大搞“个人崇拜”其以议长的身份，在全省范围内进行演讲，演讲的时候他的总是挥舞着拳头，肢体的语言极其丰富，每一句都极具煸动性。不管是在城市，还是农村，每次都会都数万聆听他的声音，在他的身边拥有着大批的追随者，年青一代视其为偶像。
鉴于孙中山《三民主义》的不足之处，杨洪森从理论上进行全面补充，甚至无耻的将《唯物主义辩证法》融入其中，将那些经过无数先辈通过实践总结出来的理论，通通的写进了他的新书《我的奋斗》之中，将“个人崇拜”推向了一个新的高峰。