相对易守难攻的“天保城”，野战中北洋军有更大的胜算，冯国璋把皖军的战术给copy了过来，在前往南京的路上构筑沟垒，层次阻击，从山下冲下来的皖军，当他们撕开一道道敌军防线奔向南京城时，部队是越打越小，伤员是越打越多。
面对数倍北洋军的包围，叶盛祥对北洋军发起了最后一次冲击。
当冯国璋听到下山皖军被围歼的时候，眉宇间才稍显舒展。
“天保城”此时守军不到二个连，冯国璋把攻取“天保城”这个艰巨而光荣的任务交给了第3师，经过4小时的苦战，冯国璋终于夺下了“天保城”，南京城中革命党人的一举一动全在他的视野之中。
对冯国璋来说，再加一把劲，胜利便可唾手可得，南京形势顿时险恶起来。
大胜关北洋军面对着皖军的东西对进，困守死地的险境，在海军的配合下，大胜关阻击部队主动撤出战斗。
这一举动严重违背了冯国璋要求死守大胜关，直至最后一个人的命令。
“大帅，再拼就全拼光了，给咱们团留一点种子吧。”
冯玉璋看着驻守大胜关的二团官兵此时上到军官，下到士兵个个身上带伤，眼巴巴的看着冯玉璋，3200多人打的只剩下一个营了。冯玉璋转过身挥了挥手，“都下去休息吧。”
“大帅。”
打通安徽与南京的交通线的皖军继续向着南京前进，柏文蔚护送宋教仁等人安全到达了芜湖。
张四维第10师先头部队到达南京之时，正赶上南京城内最惨烈的巷战。
9月12日，何海鸣和韩恢在新编第三军司令部召开军事会议，何海鸣主持决定以攻代守兵出四路，即1师王宪章部出雨花台，攻紫金山；新编5师钱通出朝阳门，1师与敌接仗时，出而合攻；8师出太平门，突出天保城；新编6师出仪凤门，攻击幕府山。是时1师迟迟没有行动，5师至朝阳门，敌人炮火猛烈，不能出城。原定4路进攻计划完全落空。
9月13日早晨，北洋军对南京城发起总攻击。
北洋军利用地道将朝阳门城垣轰崩两丈有余，蜂拥而入。太平门被北军用猛烈炮火击穿，北军冲入城内，分别占领了富贵山和骆驼山；通济门、神策门也被北洋军攻破，大批北洋军涌入南京城内。
9月13日冯国章致电袁世凯已全线占领南京。
9月14日袁世凯通电敦促安徽杨洪森接受中央政府招安，并开出了六点和平方案。其中：安徽宣布取消独立，解散社会人民党，杨洪森下野，皖军进入就地裁撤接受陆军部整编。另外，杨洪森在皖个人财产将给予保护，中央另将委以重任安排其到国外考察。
袁世凯又被下面的将领的蒙骗了以至于做出错误的判断。袁世凯要通过和平方案他向国人表明一种态度，即：他袁世凯是不想打仗的，目前这种局面的根本是国民党孙中山和社会人民党杨洪森叛乱造成，不过他是宽宏大量的，只要杨洪森在时间内投降。
中央到地方，甚至国外报纸对北洋政府和平制造舆论。
9月15日社会人民党新闻发言人安惠民在上海召开记者会回应北京的和平。
“……对于和平我们表示欢迎，但和平谈判的前提在共和、民主的前提下……”安惠民宣读声明后向各方记者提供最新的战报“……南昌还在战争，南京并未被攻陷，各位对此可以进行核实……。”
记者招待会的时间为二十分钟，记者会结束后安惠民直接躲进了下榻的酒店。
南昌还在战，南京并未攻陷，外国记者通过南昌、南京的各国领使馆，了解到这两座城市还在激烈的交战之中，尤其是在南昌，皖军占着另一半，南京很多建筑物都控制在南军手中，两处的战斗打的火热，没有丝毫结束迹象。
南京城被攻破后，除了很少一部分人外，大部分革命者的士气都已经瓦解了，根本无法组织起有效的反击，导致南京战火一直未灭原因正是北洋军自己造成的。
北洋军攻占南京后，大肆淫掠，几乎无兵不抢。北军在下关纵火焚烧，全埠化为焦土。抢掠后所有赃物皆运往运至天津、北京或运至上海。这种大肆的掠夺，导致南京城内的反抗情绪十分高涨，各师残部、何海鸣指挥的卫队，南京水警、巡警以及一大帮子民军散兵游勇，北洋军不是不将南京划成片，这样即方便清剿，同时也解决了因掠夺导致无谓的兄弟之争。
皖军的第10师张四维冲破北洋军阻击后，加入进了南京城的巷战之中，让本就热闹的南京城，变的更加热闹起来。
在上海，安惠民不断的走访各国领使馆，英、法、美、日四国要求北洋军停战三日，以便从南京城中撤出侨民，对此袁世凯委婉的加以拒绝，这显然是杨洪森利用洋人所施的缓兵之计，这样的诡计，他袁世凯是不会中第二次的。
“停战三日，以便各国侨民撤离南京。”虽说将在外军令有所不授，但是作为袁世凯最忠心的狗，冯国璋无条件的执行了这一命令，一支从上海赶来的红十字团队，确保在这三天内双方都能克制执行这一停战协议。
皖军的强势介入，迫使何海鸣放弃了指挥权，南京城内的所有武装力量由张四维统一指挥。冯国璋也在紧张的利用着这三天的时间，分配兵力，并且拟定了一个b方案，准备一口气把皖军赶到秦淮河里。
战事就这样在三天后的街巷展开了，而在江西南昌，巷战已经整整持续了十二天。
在一处破损的房内，一群人正对着党旗庄严地宣誓：“我志愿加入中国社会人民党，坚持执行党的纪律，不怕困难，不怕牺牲，为三民主义事业奋斗到底。”
陶继光走上前与这些年青的同志握手，并将红色的党证交到了他们的手中，“同志们，国贼袁世凯对外宣称南昌已经被占领了，南昌被占领了吗？”
“没有。”
“不错，没有，南昌现在还在我们的手，我们绝不屈服。”
“血战到底，誓与南昌共存亡。”青年官兵高举着拳头。
南昌城内李纯和王占元都陷入了前所未有的大危机中，攻破南昌时他们认为江西的战事结束了，北洋士兵们认为可以借机大肆抢夺一番，可是在城内等待他们的却是高低工事以及四周八方飞过来的冷枪，城市内你分不清谁是敌人，谁是平民，到处都是拿着枪的武装人员。
李纯越来越讨厌战争了，“现在我们该怎么办？总统一再催促我们夺取南昌，可是现在的局面。”
不需要李纯多说王占元等将领都清楚目前的现状。他们包围了南昌，并且夺取将一半的城区，另一半掌握在皖军的手中。对于城市作战他们根本没有经验，他们应对的方法：一是集结重兵；二是长期围困。
长期围困完全背离了中央的军事方针。集结重兵，目前他们没有兵可用。
在江西北洋军共投入了两个整编师，除此之外，还有数个投降的赣军团、警察以及地方民团。湖北方面，甚至北京方面暂时都无法抽调部队过来，所以更多的时候，他们需要依靠江西地方上的武装，但是江西地方部队极不可靠，尤其是民团他们私下与“抵抗军”来往密切，那些地方警察多数都是社会人民党的眼线，就在昨天王占元将其委任的南昌警察局长给砍了头，问他为什么投降后反叛，局长回答的很干脆，北洋军当街杀了他家人。至于那些投靠过来的赣军将领，他们连部队都管不好，更别指望他们对付“抵抗军”了。
“打下南昌，江西的战事就能结束吗？”
“也许不能，但是可以大大的削弱他们的士气。”
李纯暗自苦笑着，这种话也只能骗骗那些士兵，南昌城内的革命党被围这么多天，他们的士气未见瓦解，反到是己方的士气越加……
“总统让我等迅速拿下南昌，这就是将令，我等须在三日之内拿下南昌，有什么不满你们找总统去说。”王占元很快就把今天会议的基调给定下来了。
三天打下南昌，都打了十二天了，都死了近三千弟兄了。有人不满的道冷笑道，“三天内打下来南昌这也太慢了，不如一把火，保证一天内就结束战事。”
王占元拍着桌子道，“这法子好，今晚时分放火烧城，就这么定了，大家各自回队准备。”
边上的李纯一听心头一惊。